【使用心得】如何在阿里云部署Shiny App

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Author

Jihong Zhang

Published

July 5, 2021

今天我帮小伙伴在阿里云部署了下shiny app。将自己的经历记录下来，帮助到其他人。其实已经有一些博客教程，比如阿里云服务器部署Shiny App就描述的挺详细的，感兴趣的可以先看这篇。

1. 选择套餐

首先，第一步是根据自己的需求来选择云服务器的套餐，如果是小型的shinyapp，可以选择轻量服务器。我选的套餐是轻量应用服务器1核2G。

2. 在服务器端安装R语言与相关包

选完套餐后，下一步就是登录阿里云控制台进行远程登录。打开黑乎乎的command line后，接下来操作就是给Ubuntu配置环境了，你得懂一点linux命令行。

具体详细的新手教程请参考这个网站。将下面的命令一行一行复制到控制台。

# update indices
apt update -qq
# install two helper packages we need
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# import the signing key (by Michael Rutter) for these repo
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

3. 安装Rshiny server

配置完环境和装完R后就是从Rstudio那里安装Shiny-server

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb

4. 安装Shiny App需要的包

为了让你的shiny app能够顺利运行，必须安装必要的依赖包，否则就会出现”package not installed”的情况。而缺少依赖包也确实是99%的问题核心。另一个问题是，最好用shiny用户权限来安装包而不是root权限。

默认的情况下，你登录控制台会是root权限，所以要用su - shiny来切换用户权限。这是因为，不同权限的用户，R包的安装路径会不一样。如果root权限下安装，则你的shiny app可能无法找到相关的依赖，也就无法运行。

下面是我要部署的shiny app要安装的依赖包。一个好习惯是，把自己需要安装的r包写在 global.R 这个R文件里。搞清楚你可能安装的R包后，运行下面的命令。将那行R包替换成你需要的，记得用单引号哦。如果你想确定哪些安装了哪些没安装，可以在控制台的R语言中(最好以shiny用户的权限)通过以下两行命令：packages <- c('shiny', 'shinyjs')和setdiff(packages, rownames(installed.packages()))来判断你的服务器上缺少哪些R包。

su - shiny
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages( c('deltaPlotR','DT','data.table','difNLR','difR','ggdendro','ggplot2','grid','gridExtra','knitr','latticeExtra','ltm','mirt','msm','lme4','nnet','plotly','purrr','psych','psychometric','rmarkdown','shiny','shinyBS','ShinyItemAnalysis','shinyjs','stringr','tidyr','dplyr','tibble','VGAM','xtable'), repos='https://cran.rstudio.com/', INSTALL_opts = '--no-lock')\""

5. 上传shiny到服务器上

接下来的一步就是将你的Shiny App包从你本地上传到云服务器上。这一步可以有好几种方式实现比如git, sftp。我使用的git进行，修改和version control比较方便。如果你想快速上传文件也可以用ftp来传输。在服务器控制台运行以下命令，将XXXX换成你的github repo。

cd /srv/shiny-server
git clone XXXX .

6. 修改shiny包的权限

最后一步当然是要在服务器端修改你Shiny App的权限，否则他人登录你的app会因为缺少root权限反复“disconnected from server”。

sudo groupadd shiny
sudo usermod -aG shiny shiny
sudo chmod -R shiny:shiny /srv/shiny-server
sudo chomod g+w /srv/shiny-server
sudo chomod g+s /srv/shiny-server

#重启服务
sudo systemctl restart shiny-server.service

7. 用公网IP查看你的app是否已经发布

Da La!到这一步基本上就大功告成了。打开你的浏览器，输入http://[公网ip]:3838/[app名字]。将[公网ip]换成你服务器的公网ip，这个可以在你的工作台->服务器信息->ip地址处查看。将[app名字]换成你的shiny app的文件夹名.

8. 写在最后

如果你第一次部署的话，一定会遇到各种问题。一定要耐心，善用谷歌百度才搜索。以下是我的一点小心得：

如果出现不可知的问题可以通过在控制台中输入以下命令来查看。比如出现“[WARN] shiny-server - Running as root unnecessarily is a security risk! You could be running more securely as non-root.”。这很可能是权限问题，可以去试试修改以下你的Shiny app文件夹的权限。

cat /var/log/shiny-server.log

好啦，希望你能成功部署你的shiny app。国内的云服务发展很快，但是相关的易上手教程却很少，希望有越来越多的先行者将自己的经验记录下来并传播出去。如果接下来要替换域名和申请HTTPS证书，请参考这篇博客。

--- title: 【使用心得】如何在阿里云部署Shiny App author: Jihong Zhang date: '2021-07-05' slug: Shiny app on Ali Cloud categories: - blog tags: - Shiny subtitle: '' summary: '介绍如何在阿里云上部署自己的shiny app' lastmod: '2021-07-05T11:17:24-05:00' featured: no format: html: page-layout: full toc: true toc-depth: 2 toc-expand: true lightbox: true code-fold: false fig-align: center --- 今天我帮小伙伴在阿里云部署了下shiny app。将自己的经历记录下来，帮助到其他人。其实已经有一些博客教程，比如[阿里云服务器部署Shiny App](https://taoyan.netlify.app/post/2020-06-10.%E9%98%BF%E9%87%8C%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8%E9%83%A8%E7%BD%B2shiny-app/)就描述的挺详细的，感兴趣的可以先看这篇。 ## 1. 选择套餐 ```{r setup, comment=FALSE, echo=FALSE, results="hide", comment=FALSE} knitr::opts_chunk$set( echo = TRUE ) library(knitr) ``` 首先，第一步是根据自己的需求来选择云服务器的[套餐](https://developer.aliyun.com/plan/grow-up)，如果是小型的shinyapp，可以选择轻量服务器。我选的套餐是轻量应用服务器1核2G。 ```{r, echo=FALSE} include_graphics('figure1.png') ``` ## 2. 在服务器端安装R语言与相关包选完套餐后，下一步就是登录阿里云控制台进行[远程登录](https://swas.console.aliyun.com/)。打开黑乎乎的command line后，接下来操作就是给Ubuntu配置环境了，你得懂一点linux命令行。 ```{r, echo=FALSE} include_graphics('figure3.png') ``` 具体详细的新手教程请参考这个[网站](https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-install-r-on-ubuntu-18-04)。将下面的命令一行一行复制到控制台。 ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} # update indices apt update -qq # install two helper packages we need apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr # import the signing key (by Michael Rutter) for these repo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev ``` ## 3. 安装Rshiny server 配置完环境和装完R后就是从Rstudio那里安装Shiny-server ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} sudo su - \ -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\"" sudo apt-get install gdebi-core wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb sudo gdebi shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb ``` ## 4. 安装Shiny App需要的包为了让你的shiny app能够顺利运行，必须安装必要的依赖包，否则就会出现"package not installed"的情况。而缺少依赖包也确实是99%的问题核心。另一个问题是，最好用shiny用户权限来安装包而不是root权限。 > 默认的情况下，你登录控制台会是root权限，所以要用`su - shiny`来切换用户权限。这是因为，不同权限的用户，R包的安装路径会不一样。如果root权限下安装，则你的shiny app可能无法找到相关的依赖，也就无法运行。下面是我要部署的shiny app要安装的依赖包。一个好习惯是，把自己需要安装的r包写在 *global.R* 这个R文件里。搞清楚你可能安装的R包后，运行下面的命令。将那行R包替换成你需要的，记得用单引号哦。如果你想确定哪些安装了哪些没安装，可以在控制台的R语言中(最好以shiny用户的权限)通过以下两行命令：`packages <- c('shiny', 'shinyjs')`和`setdiff(packages, rownames(installed.packages()))`来判断你的服务器上缺少哪些R包。 ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} su - shiny sudo su - \ -c "R -e \"install.packages( c('deltaPlotR','DT','data.table','difNLR','difR','ggdendro','ggplot2','grid','gridExtra','knitr','latticeExtra','ltm','mirt','msm','lme4','nnet','plotly','purrr','psych','psychometric','rmarkdown','shiny','shinyBS','ShinyItemAnalysis','shinyjs','stringr','tidyr','dplyr','tibble','VGAM','xtable'), repos='https://cran.rstudio.com/', INSTALL_opts = '--no-lock')\"" ``` ## 5. 上传shiny到服务器上接下来的一步就是将你的Shiny App包从你本地上传到云服务器上。这一步可以有好几种方式实现比如git, sftp。我使用的git进行，修改和version control比较方便。如果你想快速上传文件也可以用ftp来传输。在服务器控制台运行以下命令，将XXXX换成你的github repo。 ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} cd /srv/shiny-server git clone XXXX . ``` ## 6. 修改shiny包的权限最后一步当然是要在服务器端修改你Shiny App的权限，否则他人登录你的app会因为缺少root权限反复“disconnected from server”。 ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} sudo groupadd shiny sudo usermod -aG shiny shiny sudo chmod -R shiny:shiny /srv/shiny-server sudo chomod g+w /srv/shiny-server sudo chomod g+s /srv/shiny-server #重启服务 sudo systemctl restart shiny-server.service ``` ## 7. 用公网IP查看你的app是否已经发布 Da La!到这一步基本上就大功告成了。打开你的浏览器，输入http://\[公网ip\]:3838/\[app名字\]。将\[公网ip\]换成你服务器的公网ip，这个可以在你的工作台-\>服务器信息-\>ip地址处查看。将\[app名字\]换成你的shiny app的文件夹名. ```{r, echo=FALSE} include_graphics('figure2.png') ``` ## 8. 写在最后如果你第一次部署的话，一定会遇到各种问题。一定要耐心，善用谷歌百度才搜索。以下是我的一点小心得：如果出现不可知的问题可以通过在控制台中输入以下命令来查看。比如出现“\[WARN\] shiny-server - Running as root unnecessarily is a security risk! You could be running more securely as non-root.”。这很可能是权限问题，可以去试试修改以下你的Shiny app文件夹的权限。 ```{bash, eval=FALSE, engine="sh"} cat /var/log/shiny-server.log ``` 好啦，希望你能成功部署你的shiny app。国内的云服务发展很快，但是相关的易上手教程却很少，希望有越来越多的先行者将自己的经验记录下来并传播出去。如果接下来要替换域名和申请HTTPS证书，请参考这篇[博客](https://taoyan.netlify.app/post/2020-08-05.shinyapp域名端口安全设置及代理/)。 ## 9. 其他资源 ::: panel-tabset ## 在线文档 1. [posit Shiny Server 文档](https://posit.co/products/open-source/shiny-server/) 2. [官方文档: Shinyapp Deployment](https://shiny.posit.co/r/articles/share/deployment-web/) ## 个人博客 1. [\[Tao Yao\] 阿里云服务器部署Shiny App](https://taoyan.netlify.app/post/2020-06-10.%E9%98%BF%E9%87%8C%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8%E9%83%A8%E7%BD%B2shiny-app/) 2. [\[Professor Wu\] 如何在腾讯云服务器上部署shiny应用](https://wujun.site/post/%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%9C%A8%E8%85%BE%E8%AE%AF%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8%E4%B8%8A%E9%83%A8%E7%BD%B2shiny%E5%BA%94%E7%94%A8/) 3. [\[CSDN\] 服务器上搭shinyApp：shiny-server配置及报错解决](https://blog.csdn.net/Candle_light/article/details/90057212) 4. [\[腾讯云\] 如何使用Shiny Server部署R应用程序原创](https://cloud.tencent.com/developer/article/1190086) :::